境內(nèi)公司向關聯(lián)香港公司提供技術咨詢服務，根據(jù)《跨境應稅行為適用增值稅零稅率和免稅政策的規(guī)定》（財稅〔2016〕36號）規(guī)定

一、中華人民共和國境內(nèi)（以下稱境內(nèi)）的單位和個人銷售的下列服務和無形資產(chǎn)，適用增值稅零稅率：

（三）向境外單位提供的完全在境外消費的下列服務：

• 研發(fā)服務。
• 軟件服務。
• 電路設計及測試服務。
• 信息系統(tǒng)服務。

七、本規(guī)定所稱完全在境外消費，是指：

（一）服務的實際接受方在境外，且與境內(nèi)的貨物和不動產(chǎn)無關。

據(jù)此，公司向境外單位提供的完全在境外消費的上述列舉的技術服務，適用增值稅零稅率。否則，按6%計繳增值稅。

關于免稅：
《營業(yè)稅改征增值稅跨境應稅行為增值稅免稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2016年第29號）第二條第（十四）規(guī)定，向境外單位銷售的完全在境外消費的專業(yè)技術服務。
下列情形不屬于完全在境外消費的專業(yè)技術服務：
1. 服務的實際接受方為境內(nèi)單位或者個人
2. 對境內(nèi)的天氣情況、地震情況、海洋情況、環(huán)境和生態(tài)情況進行的氣象服務、地震服務、海洋服務、環(huán)境和生態(tài)監(jiān)測服務。
3. 為境內(nèi)的地形地貌、地質(zhì)構(gòu)造、水文、礦藏等進行的測繪服務。
4. 為境內(nèi)的城、鄉(xiāng)、鎮(zhèn)提供的城市規(guī)劃服務。

國家稅務總局公告2016年第29號第五條規(guī)定， 納稅人發(fā)生本辦法第二條所列跨境應稅行為，除第（九）項、第（二十）項外，必須簽訂跨境銷售服務或無形資產(chǎn)書面合同。否則，不予免征增值稅。

關于備案手續(xù)：
國家稅務總局公告2016年第29號第八條規(guī)定寧， 納稅人發(fā)生免征增值稅跨境應稅行為，除提供第二條第（二十）項所列服務外，應在首次享受免稅的納稅申報期內(nèi)或在各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局規(guī)定的申報征期后的其他期限內(nèi)，到主管稅務機關辦理跨境應稅行為免稅備案手續(xù)，同時提交以下備案材料：

（一）《跨境應稅行為免稅備案表》（附件1）；
（二）本辦法第五條規(guī)定的跨境銷售服務或無形資產(chǎn)的合同原件及復印件；
（三）提供本辦法第二條第（一）項至第（八）項和第（十六）項服務，應提交服務地點在境外的證明材料原件及復印件；
（四）提供本辦法第二條規(guī)定的國際運輸服務，應提交實際發(fā)生相關業(yè)務的證明材料；
（五）向境外單位銷售服務或無形資產(chǎn)，應提交服務或無形資產(chǎn)購買方的機構(gòu)所在地在境外的證明材料；
（六）國家稅務總局規(guī)定的其他資料。

關于發(fā)票：
國家稅務總局公告2016年第29號第七條規(guī)定， 納稅人發(fā)生跨境應稅行為免征增值稅的，應單獨核算跨境應稅行為的銷售額，準確計算不得抵扣的進項稅額，其免稅收入不得開具增值稅專用發(fā)票。已開具增值稅專用發(fā)票的，應將全部聯(lián)次追回后方可辦理跨境應稅行為免稅備案手續(xù)。